曾经不重视对水环境监测的力度，没有建立完整可行的一套体制，缺乏广泛性，对水质管理的预防措施不明显，只有出问题了才采取监管，这些都是流域水环境监测过程中遇到的主要的问题。

1、监测体制问题

没有完善的流域水环境监测体制，导致水环境监测遇到很多问题。水环境监测部门属于政府机构，但是政府机构中涉及水环境监管的部门比较多，由此出现很多部门同时管理的情况，降低了工作效率。有时在处理问题要受到其他部门的干涉，导致工作难以顺利稳定的进行，甚至在出现水环境污染的事件后，相互推卸责任，因此出现了职能不明等情况，这对控制水环境的污染以及出现污染后的治理情况很不利。

2、采样过程中的技术问题

在样品采集过程中，采样断面与采样点位的布设、样品采集频率与方法的确定、样品采集后的预处理、样品装置容器的选取与洗涤、样品保存与运输等技术如果把握不当，就容易出现问题，对样品的代表性与完整性产生基础性的影响。例如：在测定含油水域中，为测定水中乳化状态与溶解性油采样时，没有避开漂浮在水表面的油膜。

3、过于统一的标准

没有结合各个地区的特色出台相应的管理标准，因为每个地区的监测环境都不相同，而且监测内容差之间的差别也很大，用同一套方法，显然是不适合的。制定的监测方案只有结合地区的特点，才能解决好不同区域出现的水环境污染问题。而且匮乏的监督评估机制，造成我国按照地方分别管理的水环境监管部门的工作效率极低，并且地方性管理的制度与实际情况脱节，不合乎现状。所以，由水环境监测部门统一部署就成了一个最佳选择。

4、分析仪器及试剂的问题

在分析仪器方面，如果仪器的测量范围不够大，灵敏性较低，在测量样品时，其测量准确度就会较低，误差较大。在试剂方面，如果使用的试剂纯度精度达不到要求时或所使用的纯水的纯度达不到要求，都将会导致配制的试剂存在浓度误差。例如，高锰酸钾、盐酸羟胺、蒸馏水等试剂往往会含有痕量汞，会导致空白偏高，对其净化处理不当会造成引入误差。